في عمر ال ٢٨ من شبابه، استجاز السيد روح الله الخميني المقيم آنذاك في قم عام ١٣٤٨ هجري، من السيد محسن الأمين المقيم في دمشق، فأجازه السيد العاملي إجازة رواية. وأثبتها في نهاية الجزء الاول من كتابه (البحر الزخاز) حيث قال:
الذين يروون عنّا بالاجازة.... السيد السند الفقيه المعتمد ثقة الاسلام الاغا روح الله الخميني، استجازنا من قم المباركة سنة 1348 هجري.
ثم عاد السيد الخميني وأشار إلى الإجازة في مقدمة كتابه (الأربعون حديثا) فقال: اخبرني اجازة مكاتبة ومشافهة عدة من المشايخ العظام والثقاة الكرام منهم ..... السيد السند الفقيه المتكلم الثقة الثبت العلامة السيد محسن الامين العاملي...
