في كتابه (معرفة الإمام) يتّهم الشيخ محمد حسين الطهراني، السيد حسن الأمين بتحريف تراث والده في عدّة مواضع.
فقد اتّهمه ، انّه في الطبعات الجديدة للأعيان ، قد حذف صفحات من بحث (الجفر) كان السيد محسن (رض) قد أودعها في طبعات الكتاب الأولى في زمن حياته. كما اتّهمه بممالأة المخالفين (يقصد السُنّة) والتصحيف وحذف المطالب النفيسة التي تصون معقل التشيّع !!!
ويختم الطهراني هجومه على السيد حسن الأمين، بنسبة (جريمة مبتكرة) له وهي أنه في الطبعة الأولى من (دائرة المعارف الإسلامية الشيعية) ختم بحثه عن الأئمة بالإمام العسكري الحادي عشر ولم يذكر إسم (بقية الله الأعظم).
